Vor dem Release von Prototype 2 fassen wir für euch die Geschichte des Vorgängers für euch zusammen. Alex Mercer wird mit dem Blacklight Virus infiziert und befindet sich in Prototype auf einem Rachefeldzug. In Prototype 2 suchen Spieler als Sgt. James Heller nach Alex Mercer, der vermeintlichen Wurzel allen Übels. Gamesaktuell.de fasst für euch die Geschichte von Prototype und Prototype 2 in diesem Special zusammen.
Die Handlung des ersten Teils von Prototype findet in New York City im Jahre 2009 statt. Protagonist der Geschichte ist Alex Mercer, der in einem Genlabor namens "Gentek" ohne Erinnerungen an seine Vergangenheit das Bewusstsein wiedererlangt. Alex findet kurze Zeit später heraus, dass er in einer Verschwörung als Experiment missbraucht wurde und nun aufgrund eines Virus' über übermenschliche Kräfte verfügt. Er flüchtet aus dem Labor und sinnt nach Rache gegen jene, die sein Leben zerstört haben. Indem er Menschen "komsumiert" und deren Erinnerungen und das Aussehen in sich aufsaugt, findet er im Laufe der Handlung immer mehr Details über sich und seine Vergangenheit heraus.
In New York City selbst verbreitet sich unterdessen eine mysteriöse Infektion aus, die nach und nach immer mehr Bewohner der Stadt in blutrünstige Monster verwandelt. Die Söldner der US-amerikanischen Einheit "Blackwatch" und eine Gestalt namens "The Specialist" stellen den größten Feind von Alex dar. Es stellt sich später heraus, dass dem Militär das Virus, das New York City infiziert hat, schon lange unter dem Namen "Blacklight" bekannt ist. Da Alex einige wichtige militärische Kommandanten in Prototype verschlingt, erfährt er von seiner früheren Arbeit bei Gentek an dem Blacklight-Virus. Das Virus geriet allerdings während der Arbeiten außer Kontrolle.
Die daran forschenden Wissenschaftler wurden deswegen von Blackwatch eliminiert. Alex entkam jedoch mit einer Probe des Blacklight-Virus, wurde von den Soldaten umzingelt und entschloss sich, so viele wie möglich mit in den Tod zu reißen. Er ließ die Probe fallen, wodurch sich die DNS des Blacklight-Virus daraufhin mit der DNS von Alex vermischte und auf seiner zellulären Basis neu entwickeln konnte. Alex Mercer wurde in Prototype deswegen vom Blacklight-Virus wiederbelebt.
Während Alex sich bemüht, die Vorfälle von damals restlos aufzuklären, lässt er Elizabeth Greene aus dem Gentek-Labor frei. Er hoffte, dass sie ihm bei seinem Ziel helfen würde. Doch Elizabeth dient als eine Art "Gehirn" für die infizierten Bewohner von New York City. In der Vergangenheit kam sie mit einer schwächeren Art des Blacklight-Virus, genannt Redlight, in Berührung und wurde von Gentek als Experiment missbraucht. Da sie nun frei ist, setzt sie alles daran, Alex und das Militär um jeden Preis zu vernichten.
Alex vernichtet Elizabeth und verschlingt ihre Erinnerungen und findet durch sie heraus, dass Blackwatch Manhatten mit einem Nuklearschlag zerstören will, um die Infektion und Alex aufzuhalten. Alex infiltriert vorher jedoch die Militärbasis, in der die Waffe untergebracht ist. Er schafft die Waffe weit weg von Manhatten, auf den atlantischen Ozean hinaus und lässt sie dort mit ihm zusammen detonieren. Seine Überreste werden später an Land gespült und regenerieren sich neu, indem ein Vogel verschlungen wird.
Nach den Vorfällen wird außerdem von der US-Regierung bekanntgegeben, dass das Militär die Infektion gestoppt hat. Manhatten und dessen Bevölkerung erholen sich unterdessen von den Auswirkungen des Virus'. Nach den Aussagen der Regierung, ist Nuklear- und Bioterrorismus für die Ereignisse verantwortlich. Allen Verantwortlichen wird anschließend die Vergeltung angekündigt. Von diesem Zeitpunkt an durchstreift Alex die Stadt, um sein volles Potential zu entdecken und schließlich seine Aufgabe zu erfüllen.
